برنامه کنترل کانتینر UNODC-WCO در حال حاضر در بنادر و ترمینال های کانتینری برخی کشورها ازجمله؛ کشورهای کاستاریکا، اکوادور، غنا، پاکستان (بندر کراچی و هفت ترمینال کانتینری داخلی)، پاناما، سنگال و ترکمنستان (بندر ترکمانباشی و ترمینال کانتینری عشق آباد)به اجرا گذاشته شده است.

۳-هیات بین‌المللی کنترل مواد مخدر (INCB )

هیات بین‌المللی کنترل مواد مخدر (INCB) مستقر در وین اتریش، اجرای کنوانسیون های کنترل مواد مخدر دارد. دو پروژه تحت عنوان «پروژه یکپارچگی» و «پروژه شفاف»، تحت نظارت این هیئت آغاز شده است. هدف این دو پروژه، کمک به دولت ها در مبارزه علیه جابجایی / تغییر مسیر «پیش سازهای شیمیایی» و مواد مخدر صناعی است WCO در ستاد پروژه ها ی مذبور عضویت دارد.

۴-اینترپول (ICPO)

دبیرخانه WCO و اینترپول (پلس بین الملل ) در یک سلسله گسترده از مسائل با یکدیگر همکاری نزدیک دارند، به ویژه در مبارزه با فعالیت های مجرمانه مرزی، نظیر مواد مخدر، نقض حقوق مالکیت فکری، میراث فرهنگی، دخانیات، اسلحه های کوچک و مهمات سبک و جرائم محیط زیستی. دبیرخانه های این دو نهاد در سال ۲۰۰۳ یک تفاهم نامه با یکدیگر امضاء نمودند. عملیات مشترک اینترپول/WCO، شامل هدف گذاری مبارزه با قاچاق غیر قانونی پیش سازهای ‌شیمیایی است و با کلیه کشورهای آمریکای جنوبی سه پروژه مشترک را با موفقیت اجرا ‌کرده‌است وبرنامه دیگری نیز در آینده اجرا خواهد شد. چهارمین کنگره جهانی مبارزه با نقض حقوق مالکیت فکری وکپی رایت مسروقه، به میزبانی دبلیو سی او و با کمک اینترپول و وایپو در فوریه ۲۰۰۸برگزار شد.

۵-یوروپول

در پی امضاء یک موافقت نامه همکاری در سال ۲۰۰۲، در جهت مبارزه جدی با جرائم سازمان یافته فراملی، WCO با «دفتر اروپایی مبارزه با تقلب» و یوروپول، در جهت خنثی سازی تولید غیر قانونی سیگار، همکاری نزدیکی را بنا نمودند.

۶- مرکز اروپایی نظارت بر مواد مخدر ‌و اعتیاد به مواد مخدر (EMCDDA)

مرکز ا روپایی نظارت بر مواد مخدر و اعتیاد به مواد مخدر که در سال ۱۹۹۳ تأسیس گردید، یک آژانس اروپایی ارائه دهنده اطلاعات درباره مواد مخدر، اعتیاد به مواد مخدر و نتایج آن در سطح اروپا است. این آژانس در سال ۲۰۰۷، با هدف توسعه تلاش های بین‌المللی مربوط به کنترل مواد مخدر، یک تفاهم نامه با WCO امضاء کرد.

۷-سازمان جهانی مالکیت فکری(WIPO)

سازمان جهانی مالکیت فکری، یک آژانس تخصصی سازمان بین الملل متحد، مستقر در ژنو سویس است که هدف آن توسعه سیستم بین‌المللی حقوق مالکیت فکری متوازن وقابل حصول است. دبلیو سی او و وایپو در جهت توسعه بهره گیری و حمایت مؤثر از مالکیت فکری در سرتسر جهان، همکاری تنگاتنگی دارند.

۸-ستاد اقدام مالی(FATF)

ستاد اقدامات مالی توسط کشورهای گروه ۷ (که در حال حاضر به گروه ۸ موسوم است) تشکیل گردیده وماموریت اصلی آن بررسی تصمیمات ملی و بین‌المللی برای مبارزه با پولشویی است.دبیرخانه دبلیو سی او با این ستاد و اعضاء منطقه ای آن نظیر «گروه آسیا پاسیفیک اقدام علیه پول شویی» و «گروه اقدام بین الدولی علیه پول شویی در آفریقا» جهت اتخاذ تدابیر و ترغیب بهره گیری از تجربیات موفق در مقابله با پول شویی در گمرک، همکاری نزدیکی را ایجاد نموده است.

۹-برنامه محیط زیست ملل متحد(UNEP)

WCO و برنامه محیط زیست ملل متحد، در سال ۲۰۰۳ یک تفاهم نامه امضاء کردند. از سال ۲۰۰۱، WCO یکی از فعال ترین شرکای «طرح های ابتکاری گمرک سبز» که عبارت از مجموعه ای از فعالیت های مشترک توسط سازمان های همکار، هماهنگ شده به وسیله UNEP و به منظور افزایش آگاهی مأموران گمرکی نسبت به مافقت نامه های چند جانبه محیط زیستی مربوط به تجارت می‌باشد، بوده است.

این دو سازمان به منظور مبارزه با تجارت غیر قانونی مواد تخریب کننده لایه اوزون، همکاری نزدیکی دارند. همچنین دفاتر رابط اطلاعات منطقه ای (رایلوها) نیز، طرح های ابتکاری دفاتر منطقه ای یونپ را حمایت وپشتیبانی می‌کنند.

۱۰-دبیر خانه کنوانسیون تجارت بین‌المللی گونه های جانوری و گیاه در حا ل انقراض (CITES)

دبیرخانه WCO بر ا ساس تفاهم نامه امضاء شده در سال ۱۹۹۶، با دبیرخانه CITES به منظور اجرای این کنوانسیون، ارتباط کاری طولانی مدتی دارد. یک گروه کاری مشترک در سال ۱۹۹۶ تشکیل گردید، مواد آموزشی لازم به طور مشترک تهیه شده و به گمرکات کشورها عرضه شده است، سمینارها و کارگاه های آموزشی برای آموزش کارکنان گمرکات به طور مشترک سازماندهی شده است. دبیرخانه های دو طرف در نوامبر ۲۰۰۶، اجرای یک پروژه مبادله اطلاعات درباره کشفیات عاج فیل را آغاز کرده‌اند.

۱۱-سازمان جهانی بهداشت (WHO)

WCO و سازمان جهانی بهداشت، در زمینه مسائلی نظیر داروهای تقلبی و آنفلونزای مرغی با یکدیگر همکاری دارند. دبلیو سی او یکی از اعضای فعال پروژه ستاد مقابله با داروهای تقلبی، هماهنگ شده به وسیله سازمان جهانی بهداشت است.

۱۲-آژانس بی المللی انرژی اتمی(IAEA)

ارتباط کاری بین WCO و آژانس بین‌المللی انرژی اتمی در خصوص اتخاذ تدابیر تاکتیکی و استراتژیک جهت مقابله با معامله غیر قانونی مواد هسته ای ورادیو اکتیو، به همراه تسهیلات مبادله اطلاعات، منتهی به ایجاد یک تفاهم نامه در می ۱۹۹۸ گردید. این امر چارچوبی برای ترغیب همکاری در سطح ملی بین ادارات ملی گمرکات کشورها و سازمان های قانونی مسئول جهت کنترل مواد اتمی و رادیواکتیو، فراهم نموده است.

۱۳-شورای بین‌المللی موزه ها (ICOM)

به منظور مقابله با معاملات غیر قانونی دارایی های فرهنگی، WCO و شورای بین‌المللی موزه ها تفاهم نامه ای امضاء کرده‌اند که به آن ها اجازه می‌دهد تا هر کدام در حوزه کاری خویش، اقداماتی جهت همکاری و مبادله اطلاعات انجام دهند. پیش‌بینی می شود که مقامات گمرکی و مقامات عضو شورای بین‌المللی موزه ها، با این دیدگاه که تجزیه و تحلیل و ثبت تخلفات می‌تواند به خدمات گمرکی مؤثر در این زمینه کمک نماید، چنین اقداماتی را جامعه عمل بپوشانند.

۱۴-سازمان آموزشی، علمی و فرهنگی ملل متحد(UNESCO)

با دیدگاه مبارزه با ترافیک غیر قانونی دارایی های فرهنگی، WCO و یونسکو به منظور تعیین و اجرای روش ها و وسایل ارتقاء همکاری در حوزه صلاحیت کاری خویش، یک تفاهم نامه امضاء کرده‌اند. این تفاهم نامه، مبادله اطلاعات بین مقامات گمرکی ومقامات صلاحیت دار ملی به رسمیت شناخته شده توسط یونسکو، به منظور حفاظت از میراث فرهنگی و ارتقاء کارایی تحقیقات و اطلاعات حاصل شده از طریق خدمات بازرسی را پیش‌بینی می‌کند.

۱۵-مرکزمنطقه ای مبارزه با جرائم فرامرزی

طرح ابتکاری جنوب شرق اروپا، به عنوان ایده همکاری منطقه ای در ماه می ۱۹۹۵ در وین اتریش، پایه گذاری شده است. آلبانی، بوسنی و هرزگوین، بلغارستان، کرواتی، یونان، مجارستان، مولداوی، مونتنگرو، مقدونیه، رومانی، صربستان، اسلوونی وترکیه کشورهای عضو مرکز منطقه ای مبارزه با جرائم فرامرزی می‌باشند.